علاوه بر خطوط فعلی و موجود در سیستم قرآن‌نگار، ناشران محترم می‌توانند خطوط مورد علاقه خود را برای چاپ قرآنهای نفیس سفارش دهند این خطوط را می‌توان از منابع زیر طراحی کرد:

• الف – از روی نسخه خطی

روش آموزش خط از روی نسخه‌های خطی به این شیوه است که:

• ابتدا یک نسخه خطی اسکن می‌شود.
• سپس تمام اجزاء خط در این نسخه خطی شامل حروف، قطعات ترکیبی، اعرابها، نقطه‌ها و دیگر علائم قرآنی از ابتدای قرآن تا انتهای آن کلمه به کلمه آموزش داده می‌شود به نحوی که اولین نسخه ایجاد شده کاملا منطبق با نسخه خطی باشد.

این روش برای نسخه‌هایی که افتادگی صفحات و یا اشتباه کتابتی دارند بسیار مفید است و نسخه اصل را می‌توان به صورت اصلاح شده احیا کرد علاوه بر اینکه با افزوده شدن خط این نسخه به برنامه، امکان کتابت هر مصحف دلخواه دیگری نیز با این خط وجود خواهد داشت.

• ب- از روی کلماتی که یک خوشنویس معاصر کتابت می‌کند

بسیاری از خوشنویسان معاصر که علاقمند به کتابت قرآن بوده اما فرصت یا امکان یا توفیق این کار را ندارند می‌توانند با استفاده از سیستم قرآن‌نگار نسخه مورد نظر خود را کتابت کنند.

مراحل کار در این روش به این صورت است که خوشنویس به کتابت تعدادی از کلمات قرآن بسنده می‌کند و سپس نرم‌افزار قرآن‌نگار  از روی کلمات کتابت شده، خط  خوشنویس را تولید می‌کند. با خط تولید شده صفحه‌های قرآن کتابت می‌شوند و به نظر خوشنویس می‌رسد. خوشنویس با اعمال نظر کارشناسانه ترکیبات استفاده شده در صفحه را اصلاح کرده و به این ترتیب یک نسخه از قرآن مدنظر خوشنویس مرحله به مرحله تکمیل و کتابت می‌شود.

در این روش علاوه بر اینکه ذهن خوشنویس درگیر مواردی از قبیل صفحه‌بندی، یکنواحتی متن، رسم‌الخط و دیگر مؤلفه‌های قرآنی نیست، بلکه کتابت او نیز منحصر به یک نسخه نخواهد بود و با خط آموزش داده شده به سیستم قرآن‌نگار می‌توان نسخه‌های متنوعی را با خط ایشان تولید کرد.

• ج – از روی فونت‌های کامپیوتری موجود

اگر ناشری علاقمند است که قرآنی با یک فونت موجود کتابت شود می‌تواند این قرآن را نیز سفارش دهد.

در این روش ، فونت موجود تحویل گرفته شده و با انجام اصلاحاتی برای کتابت قرآن آماده می‌شود.  برخی از این اصلاحات عبارتند از:

تفکیک نقطه‌ها :

به منظور نقطه گذاری دقیق کلمات نقطه‌ها از حروف تفکیک می‌شوند تا امکان جابجایی و تعیین مناسب و دقیق را نسبت به کلمات مختلف و موقعیت‌های مختلف داشته باشند.

افزودن اعرابهای قرآنی:

اعرابهای جدید و متنوعی به فونت افزوده شده و اعرابگذاری کلمات به طور دقیق انجام می‌شود. در فونتهای معمولی کامپیوتر معمولا محل اعرابها ثابت است اما در سیستم قرآن‌نگار اعرابگذاری کاملا شناور بوده و بر اساس هر کلمه و هر موقعیت و با دقت جابجایی یک دهم میلیمتر انجام می‌شود.

غنی سازی حروف:

حروف و قطعات ترکیبی فونت نیز تکمیل می‌شود.

حروف کشیده‌تر ، قطعات ترکیبی متناسب با فونت و یا اگر لازم باشد کشیده‌های منحنی نیز به فونت افزوده خواهد شد.