یکی از مهمترین امکانات برنامه های نشر صفحه آرایی و سطر بندیهای متنوع متن است. در مصحفهای قرآنی علاوه بر موارد مشابه متنهای دیگر، خصوصیتهای ویژه ای نیز وجود دارد که همگی آنها در سیستم قرآن نگار پشتیبانی شده اند. یکی از این موارد تراز کامل سطرهاست. « با درج فاصله بین واژه ها » یا « با درج کشیده » این کار به صورت معمول و یا ترکیبی از این دو انجام می شود. اما در نسخه های قرآنی ، هیچ یک از این دو الگوریتم قابل اجرا نیستند و در صورت استفاده از آنها ، زیبایی متن به شدت آسیب خواهد دید. در یک متن خوشنویسی شده برای تراز سطرها فقط می توان از ترکیبهای و نگارشهای متفاوت یک کلمه استفاده کرد. مسئله وقتی پیچید هتر می شود که بخواهیم واژ هها و سطرها را در یک چارچوب مشخص جادهیم. مثلا بخواهیم قرآنی با خط نیریزی و مطابق با صفحه آرایی عثمان طه کتابت کنیم. در این حالت با توجه به تفاوت شیوه ی دو خط، گاه برخی سطرها بسیار کوتاه و برخی سطرها بسیار بلندتر از حد متوسط خواهند شد و انتخاب ترکیبهای متنوع یک کلمه ، عملی بسیار ظریف و حساس است. چرا که تنظیم درست این سطرها نیازمند قابلیت بازآفرینی خط و انعطاف بسیار در انتخاب انواع ترکیبهای مختلف واژه هاست.

تراز کامل سطرها در سیستم قرآن نگار به صورت هوشمند انجام می پذیرد. تغییر شکل ترکیبات و مقدار همجواری حروف کاملا بر اساس قواعد خوشنویسی تعیین می شوند. با این حال کاتب قرآن به عنوان کاربر سیستم قرآن نگار می تواند ترکیبات دلخواه و مناسب را از نگارشهای مختلف یک قطعه انتخاب کند و یا حتی با ترکیب نگارشهای متفاوت حروف، ترکیبات جدیدی منطبق بر اصول خوشنویسی حاکم بر نسخه خطی بیافریند. همچنین با انتخاب اعراب و نقطه های مناسب، محل دقیق هر جزء کلمه را به دقت و در حد کمتر از میلیمتر مشخص کرده و به ترکیب دلخواه سطر  است یابد.  به عبارت دیگر کاتبان ماهر به عنوان شاگردان زبده یک خوشنویس می توانند به تعداد نسخه های قرآن نگار به طور موازی و همزمان و در قالب کاربران سیستم قرآن نگار ، با رعایت اصول و ضوابط خوشنویسی استاد و با خط او ، مصح فهای متنوع و گوناگونی را بیافرینند به گونه ای که که گویی خود استاد زنده شده است و از ما سفارش کتابت قرآن م یگیرد. در نمونه زیر میخواهیم قرآنی با خط نیریزی و صفحه آرایی عثمان طه کتابت کنیم. صفحه

ششم قرآن عثمان طه  در نسخه خطی نیریزی یک صفحه و نیم کتابت شده است . با استفاده از فرمان صفحه آرایی قرآ ننگار سطرها را مطابق قرآن عثمان طه سطر بندی میکنیم. این دقیقا مثل این است که با چسب و قیچی نسخه خطی را برش داده و چیدمان جدید را ایجاد کنیم. نسخه بدست آمده که اختلاف عرض سطرها در آن بسیار مشهود است